Selezioni l'area che ti interessa e la copi (senza deselozionarla in seguito) per poi incollarla nel file che ti interessa.
Ora torna nel primo file e imposti l'alpha channel. Ora ti trovi con l'area selezionata dove ti interessa, quindi copia. Vai nuovamente nel secondo file, seleziona l'area copiata, vai sull'alpha channel e incolli.
Non so se esistono procedure più veloci ma almeno questa ti garantisce l'accuratezza dei bordi.